สถานีอนามัยตำหนักธรรมใช้สัญลักษณ์(logo)ประจำสถานีอนามัย คือ งูพันคบเพลิงตำหนักชมพูแบบนูนสูง มีรายละเอียดและความหมายของตราสัญลักษณ์ ดังนี้
ด้านหน้า คือเครื่องหมายงูพันคบเพลิงอันเป็นสัญลักษณ์ของกระทรวงสาธารณสุข ตัวคบเพลิงสีทอง งูสีเขียว
พื้นหลัง คือเครื่องหมายตำหนักสีชมพู อันมีที่มาจากประวัติของตำบลตำหนักธรรม คือ "เดิมทีเมื่อครั้งประมาณรัชสมัยของ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่5) ได้มีเจ้านายฝ่ายเหนือเสด็จประพาสผ่านมาที่ตำบลตำหนักธรรมซึ่งในตอนนั้น เป็นหมู่บ้านชื่อบ้านแป๊ะ มีแม่น้ำแม่คำมีผ่านซึ่งเป็นลำน้ำสายย่อยของแม่น้ำยมสายหนึ่ง เจ้านายฝ่ายเหนือพระองค์นี้ ์ได้มาประทับที่บ้านแป๊ะ แห่งนี้โดยในสมัยนั้นข้าราชบริพารได้สร้างพระตำหนักที่ประทับขึ้นอย่างไม่เป็นการถาวร สันนิษฐานว่าน่าจะเป็น รูปทรงคล้ายศาลาไทย ให้เจ้านายพระองคนี้ประทับที่นี่ในช่วงระยะเวลาหนึ่ง จากนั้นเป็นต้นมาจึงมีการเปลี่ยนชื่อจากบ้านแป๊ะ เป็นบ้านแม่คำมีตำหนักธรรม อันเนื่องมาจากพระตำหนักที่สร้างขึ้นข้างลำน้ำแม่คำมีนั่นเอง ส่วนที่ใช้สีชมพูเนื่องจากเป็นการหมายถึง สีประจำพระองค์ของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวนั่นเอง